With time / over time — смысловой разницы в значениях — нет, по сути — это синонимы.

Оба переводятся на русский язык как:

• со временем,
• спустя время,
• по прошествии времени,
• с течением времени,
• через некоторое время.
  

ПРИМЕРЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ:

No worries, about your English, with time you will speak better than now.
Не переживай о том, что сейчас ты плохо говоришь на английском, со временем ты будешь говорить лучше, чем сейчас.

Over time a daughter understood that her mother was right.
Со временем дочь поняла, что ее мать была права.

Things will get better over time.